Por se tratar de um compartimento que retém matéria sólida, é necessário que uma empresa especializada em limpeza de fossa realize a limpeza periódica dela para evitar a falha no funcionamento e a aparição de organismos patogênicos, ou seja, de organismos que podem causar doenças para as pessoas que convivem perto delas.
A limpeza é realizada através de um tratamento chamado “hidrojateamento”, que é realizado por um caminhão equipado com bomba de alta pressão ou vazão. Com ele, é possível remover até as sujeiras mais impregnadas sem causar danos nas paredes e pisos do local.